En 1685 ocurrió uno de los actos de desarraigo más importantes en la historia colonial de Chile: el destierro forzado desde la Isla Mocha de más de 500 personas hasta las cercanías de la ciudad de Concepción, quedando bajo la tutela de los Jesuitas en la Misión San José de la Mocha que, con el paso de los años, albergó también a aquellos considerados como marginales dentro de la sociedad colonial, hasta su desintegración en el siglo XIX. A más de 300 años de este hecho, se recuperaron restos óseos de los antiguos habitantes de la Misión, en el sitio Quinta Junge, del sector Pedro de Valdivia, Concepción. En el presente estudio damos a conocer los principales aspectos bioarqueológicos de los hallazgos de 127 individuos, distribuidos en 26 entierros primarios y 50 entierros secundarios, desde una perspectiva poblacional, presentando su estructura demográfica, patrones de entierro, condiciones paleopatológicas y reconstrucción de dieta. Finalmente, reflexionamos sobre el rol social de la disciplina en la relación con las comunidades de pueblos indígenas y sus reivindicaciones.