El objetivo del presente artículo, que presenta resultados de dos proyectos de investigación, fue identificar las representaciones de alteridad presentes en el discurso científico/erudito sobre la población indígena en Chile durante las tres primeras décadas del siglo XX. El periodo definido resulta de interés, dado que en él se dio inicio al proceso de institucionalización de una ciencia antropológica referida al estudio de los pueblos indígenas en Chile (cultura material, antropometría, costumbre y lengua), lo que se manifiesta en la fundación de museos, sociedades científicas y la creación de revistas especializadas. Junto con describir algunos aspectos que remiten a las condiciones materiales y sociales desde las cuales este saber es construido, nos enfocamos en caracterizar las representaciones que circularon sobre los indígenas en un corpus de artículos especializados que se publicaron en dicho periodo, con el objetivo de identificar las estructuras de sentido a partir de las cuales se pudieran delinear variantes o modelos de representación de la alteridad. A partir de este análisis hemos definido cuatro formas prototípicas de representación, que se desprenden de la identificación de esquemas argumentales a partir de los cuales se construye al “otro” como objeto del mundo en la diferencia más o menos lejana con un “nosotros”, se proyectan estilos de relaciones y se establece el potencial aporte de los “otros” al proyecto nacional.